出葛仙祠三官殿右侧即至灵官殿。该殿木石结构，石门，朱扉。系三官殿同期建筑。殿前有画梁雕柱走廊。殿正中塑王灵官,金甲金鞭，神威凛赫。左塑药王，右塑蛇母娘娘神像。正中上方横匾，黑底金字:“灵官宝殿”。

两侧有楹联“三眼观尽天下事，一鞭惊醒世间人”。道书载，王灵官原名王恶，湘阴浮梁之庙神，因其吞噬童男童女，被第三十代天师虚靖真人的弟子萨守坚，飞符火焚其庙。王恶不服，奏告于天庭。玉皇大帝即赐慧眼并金鞭，准其阴随萨真人，察有过错，即可报复前仇。十二年间，王恶以慧眼观察无遗，竟无过错可归咎于萨真人。后至闽中，拜萨真人为师，誓佐行持。萨真人乃以“善”易其名，改王恶为王善，并且奏告天庭，录为雷部三五火车雷公，又称豁落灵官。一般进入道教的宫观，山门内的第一座殿往往为灵官殿，殿中供奉着一赤面髯须，身披金甲红袍，三目怒视，脚踏风火轮，右举钢鞭，形象极其威武勇猛，令人畏惧的护法神，即为道教的王灵官，称火车灵官王元帅。王灵官有一大愿：人只要有三分修持，他就有七分感应;有十分修持，其即随时照临。现在道教常画的平安符就是王灵官，主管修道人和信士的平安以及纠察人间善恶之事。

药王孙思邈是唐代著名医药学家也是一名道士。自幼多病，故立志于学习医学知识。青年时期开始行医于乡里，其提倡并践行以“大医精诚”之医德对待患者，不管贫富老幼、怨亲善友，都一视同仁，无论风雨寒暑，饥渴疲劳，都求之必应，一心赴救，并取得良好的治疗效果，深为群众崇敬。公元605年-618年间，孙思邈游学四川，后隐于终南山炼丹。与沙门道宣律师交厚，写了不少道家炼丹方面的著作。唐太宗、高宗曾多次招他任国学博士、谏议大夫等职，均谢绝，唯于公元673年时任承务郎，执掌尚药局，掌管合和御药及诊候方脉等事务。道教尊称“妙应真人”，后世尊其为“药王”。其在数十年的临床实践中，编著成《备急千金要方》和《千金翼方》，反映了唐初医学的发展水平，晚年还主持完成了世界上第一部国家药典《唐新本草》。

蛇母娘娘，由于葛仙山海拔约1100米，道观在山林之中，为护佑善男信女的安全，免于毒蛇咬伤，故供奉之。